Verständlicherweise war die Verbreitung eines freien Betriebssystems vielen Firmen ein Dorn im Auge. Die GNU-Lizenz gefährdete das Geschäftsmodell der Konkurrenz. Besonders Microsoft sah seine geschäftlichen Interessen durch die Linux-Gemeinde gefährdet. Schon früh bemühte sich der Software-Riese aus Redmont darum, die Arbeit der freien Entwickler und die Open-Source Technologie zu diskreditieren. In einem internen Memorandum, das 1998 an die Öffentlichkeit gelangte, wurde das Betriebssystem Linux und die auf ihm basierenden Softwareentwicklungen als ebenbürtig und technisch überlegen bezeichnet. Außerdem wurde vorgeschlagen, dass Microsoft seine Applikationen so gestaltet, dass sie als nicht austauschbar angesehen werden.
Microsoft startete auch eine Kampagne, die den Zweck hatte, die eigenen Produkte wirtschaftlich und technisch besser aussehen zu lassen. Als absehbar wurde, dass diese Maßnahmen die Verbreitung und Verbesserung von Linux nicht gefährden konnte, entschlossen sich Microsoft und Novell ab 2006 beim Patentschutz und der Interoperabilität der konkurrierenden Systeme zusammenzuarbeiten. Auch der UNIX-Hersteller SCO war von der Entwicklung und Verbreitung eines freien Betriebssystems wenig begeistert. SCO erhob 2003 den Vorwurf, dass große Teile des Betriebssystems aus UNIX nach Linux kopiert worden sein. Dies führte zu einer Schadensersatzklage in Höhe von 1 Mrd. Dollar. SCO war auch deshalb an dem Verfahren interessiert, weil IBM das Linux-Projekt finanziell unterstützte und das eigene UNIX-Betriebssystem zugunsten von Linux immer mehr vernachlässigte. Das Verfahren wurde schließlich eingestellt, SCO ging 2007 in die Insolvenz. Schließlich sprach ein Gericht das Copyright an UNIX der Firma Novell zu. Auch markenrechtliche Probleme machten Linux zu schaffen.
Ein Streit um Linux entstand mit der Verbreitung des Namens und des Pinguin-Logos. Einige Privatleute, die sich die Namensrechte sicherten, versuchten Linux zu verklagen. Linus Torvalds konnte diese Versuche nur mit viel Hilfe unterbinden und übertrug die Verwaltung der Rechte schließlich an das Linux Mark Institute. Als dieses die Lizenzen für den Markenschutz auf 5.000 Dollar jährlich festlegte, sorgte das für großen Unmut in der Linux-Gemeinde. Torvalds sah sich schließlich genötigt darauf hinzuweisen, dass diese Lizenzgebühren erforderlich seien, um die Arbeit des Instituts zu finanzieren.