Ähnlich wie DOS verfügt auch Linux über eine Eingabe-Schnittstelle mit dem Namen Shell. Diese steht sowohl für Desktop- als auch für Server-Distributionen zur Verfügung. Der direkte Zugriff auf das System erfordert bei Neulingen etwas Übung, bietet aber mehr Kontrolle als der Weg über die herkömmlichen grafischen Benutzeroberflächen. Um die Eingabe von Linux Kommandos zu erleichtern, steht eine Befehlsergänzung zur Verfügung. Diese Autoergänzung kürzt die Eingabe der Kommandos ab.
Die wichtigsten Basissysteme dienen der System- und Dateiverwaltung. Wie auf einer grafischen Benutzeroberfläche lassen sich Dateien anlegen, verschieben, kopieren, löschen und mit Rechten versehen. Auch Benutzer lassen sich anlegen. Programme lassen sich via Shell installieren oder ausführen. Weiter lassen sich Verzeichnisse auslesen oder Dateiinhalte anzeigen. Darüber hinaus gibt die Schnittstelle geübten Programmierern die Möglichkeit Skripte anzulegen, um bestimmte Aufgaben des Systems automatisch ausführen zu lassen. Die verwendeten Linux-Kommandos und ihre Bedeutung sind in zahlreichen Online-Referenzen gut dokumentiert. Außerdem bieten die Eingabesoftware schnelle Hilfe zu einzelnen Befehlen und eine eigene Referenz, die sich aufrufen lässt. Eine Shell-Eingabesoftware ist bei Desktopsystemen integriert und kann für den Zugriff auf einen Server über das Internet auch für andere Betriebssysteme kostenlos heruntergeladen werden. Bei der Verwendung der Befehle benötigt der Einsteiger etwas Fingerspitzengefühl.
Linux Kommandos sind selbsterklärend. Es sind Abkürzungen der englischen Anweisungen. Diese Sprache ist leicht erlernbar. Wie praktisch Shell ist, erschließt sich meist dem geübten Nutzer. Wer die Grundbefehle beherrscht und sich leicht auf der Tastatur bewegt, kommt mit Linux Kommandos oft deutlich schneller zum Ziel als über eine grafische Benutzerfläche. Wer sich in Linux-Kommandos vertieft wird auch schnell verstehen, dass einige Operationen sich nur auf diesem Weg ausführen lassen. Die Systemverwaltung über die Eingabe von Kommandozeilen, stammt aus der Vorzeit der grafischen Benutzeroberflächen. Nutzern, denen dieser einfache Weg zu schwierig erscheint, können sich auch mit grafischer Verwaltungssoftware behelfen, die in vielen Linux-Distributionen enthalten ist. Dennoch ist es nützlich, die wichtigsten Befehle zu beherrschen, da es keinen direkteren Zugriff auf das Betriebssystem gibt, als die Verwendung von Linux Kommandos.